港大醫學院多年來一直進行抗生素抗藥性的研究，例如在香港發現首宗鏈球菌肺炎對氟諾酮類抗生素的抗藥性，以及金黃葡萄球菌對萬古霉素的抗藥性。最近研究人員又有嶄新發現，包括全球首宗在兒童身上發現對氟諾酮有抗藥性的流感嗜血杆菌，和發現香港首宗社區感染對甲氧西林有抗藥性的金黃葡萄球菌。

港大醫學院將繼續進行抗藥性原理和流行病學研究，包括革蘭氏陰性細菌內的乙內醯胺，開發對抗超級細菌的新一代萬古霉素，以及開發多種抗藥性的肺結核分支桿菌的快速測試。